При подготовке к съемкам проекта по просьбе продюсера и режиссера Константина Буслова состоялась встреча с генерал-полковником авиации, Героем СССР Василием Васильевичем Решетниковым, на которой было записано подробное шестичасовое интервью про детали и тонкости первых боевых вылетов на Берлин в августе 1941. Несмотря на то что Решетникову В.В. более 102 лет, он до сих пор является почётным председателем Совета ветеранов дальней авиации, а свой последний вылет совершил в возрасте 84 лет на авиашоу «Легенды авиации».

Создание фильма «1941. Крылья над Берлином» заняло более двух лет. В период производства фильма съемочная группа совершила несколько экспедиций, в том числе: в Санкт-Петербурге, Москве, Калужской области и по всей Псковской области (в том числе в Изборске), но при этом создатели уложились в 45 съемочных дней.

Съемки отдельных сцен картины велись под Санкт-Петербургом, вблизи города Ломоносов, в усадьбе, которая послужила декорацией для школы военных курсантов, а отдельные сцены были сняты в Кронштадте, в легендарном форте «Риф».

По сюжету фильма для выполнения задачи, поставленной командованием, секретной группе потребовалось перебазироваться на эстонский остров Сааремаа, поэтому в фильме нередко звучит не только эстонская речь, но и эстонские народные песни.

Кастинг на роль девушек с эстонского острова Сааремаа длился более полугода. Режиссер Константин Буслов поставил задачу задействовать настоящих эстонских актрис, что стало трудно осуществить из-за эпидемиологических ограничений, действовавших на момент создания картины. Выход нашли через привлечение к проекту молодых актрис из Эстонии, которые обучались в российских театральных вузах. Для многих из них картина «1941. Крылья над Берлином» стала дебютным проектом.

Из-за локдауна съемки натурных сцен невозможно было снимать на острове Сааремаа в Эстонии, и было принято решено перенести их на территорию комплекса «Военфильм» в Калужской области. Художественная группа разработала и построила на территории комплекса несколько натурных декораций, чтобы воссоздать атмосферу начала войны: здание аэродрома «Беззаботное» и прилегающих к нему деревень, в том числе и для съемки с высоты птичьего полета. Художникам также пришлось проложить дорогу к месту съемок, чтобы обеспечить возможность транспортировки техники.

Оригинальные интерьеры эстонских домов создатели картины снимали в Музее-усадьбе народа Сето (Псковская обл., д. Сигово), в котором сохранено аутентичное убранство. Сето (иногда называемые сету, сетукезы или псковская чудь) – редкая народность, родственная эстонцам.

Некоторые сцены фильма снимались на Красной площади. Создатели фильма в течение длительного времени договаривались с Правительством Москвы и после нескольких переносов съемок сумели за один день отснять весь необходимый материал, в том числе проезд командующего авиацией ВМФ Семена Жаворонкова на ЗИС-110, военные московские переулки, а также восстановленный по оригинальным фотографиям вид Кремля, замаскированный под обычные столичные кварталы, что на протяжении всей войны дезориентировало пилотов люфтваффе и не позволило опознать с воздуха главную площадь страны, сохранить ее от разрушений.

Исполнительница главной женской роли, Леонела Мантурова, более полугода занималась с преподавателем эстонского языка для подготовки к роли. Педагог-консультант также присутствовал на съёмочной площадке, чтобы следить за произношением актрисы. Девушка исполнила роль русско-эстонской переводчицы в фильме.

На протяжении всех этапов производства картины создатели фильма консультировались со специалистами. Во время подготовки сценария с режиссером были эксперты из Центрального музея Военно-воздушных сил РФ, а во время съемочного периода на площадке каждый день присутствовал военно-исторический консультант, действующий летчик, ответственный за соблюдение исторической точности и даже исполнивший небольшую роль в фильме.

Основной машиной в картине является дальний бомбардировщик ДБ-3. Однако для съемок фильма было построено не только несколько полноразмерных моделей этого самолета, но также модель И-16, знаменитый «Ишачок» (в фильме его пилотирует советский лётчик-испытатель В.К. Коккинаки) и модель Ли-2 (в фильме – самолёт С.Ф. Жаворонкова).

Для съемок эпизодов внутри бомбардировщика специально для фильма была отдельно построена внутренняя часть фюзеляжа ДБ-3. Впервые в истории современного российского кинематографа такая модель была построена с тщательным соблюдением всех технических тонкостей интерьера, начиная от каждого шпангоута, рации, кислородных баллонов до масок, прикрепленных специальными шнурами.

Эта декорация была выстроена в форме огромной трубы и установлена на гимбл (специальная рама на пневмо-устройствах). С помощью этого механизма стало возможно снять сцены с участием стрелков во время вылетов – перегрузки, турбулентность, крен, пикирование, облегчения после сброса бомб.

Съемка с использованием декорации на гимбле проходила в третьем павильоне Мосфильма, однако ее установку пришлось долго согласовывать из-за опасений, что бетонный пол студии не выдержит многотонной конструкции.

Для съемок картины реквизиторы искали и подбирали реальные архивные карты СССР. Так, в фильме на карте территорий можно заметить двойную подпись эстонского острова Сааремаа (Эзель). Эзель – одно из старинных немецких названий, которое остров носил до 1917 года.